begin

Zoeken

Er kan op verschillende manieren worden gezocht:
- textword search: op woorden in de tekst van de records
- subject search: via het standaard trefwoordensysteem van PubMed/Medline (MeSH)

Voor goede toepassing van het zoeken op onderwerp is het van belang te begrijpen hoe een bibliografische databank eruit ziet en hoe het trefwoordensysteem werkt. Dit wordt besproken op een aparte pagina: Subject Search

Automatic Term Mapping
PubMed probeert opgegeven zoekwoorden te koppelen aan standaard trefwoorden. Daarvoor moet de zoekactie aan bepaalde voorwaarden voldoen:
- geef hele woorden, geen truncatie (wordstam met wildcard), of hoogstens in OR-combinatie; bijv. infection OR infect*
- geen "woorden met quotes"; meer woorden (phrase) worden bij elkaar gehouden met "quotes", maar PubMed probeert eerst of woorden zonder quotes bij elkaar horen; bijv. lung cancer, i.p.v. "lung cancer" 
- zoek niet in indexen van velden; geef ook geen veldcodes op achter de zoekwoorden, tenzij [all fields], [mesh] of [majr]
Alleen dan zal PubMed red blood cell zoeken als erythrocytes[mesh] OR red blood cell[all fields]. Sinds november 2008 zoekt PubMed ook in deze vorm: red AND blood AND cell , wat betekent dat de woorden niet naast elkaar behoeven te staan, en zelfs niet eens in het zelfde veld: red in de titel, blood in het adres en cell in de samenvatting. Dat levert veel irrelevante records.

combineren
    LET OP: operators in hoofdletters; setnummers met # (hekje) ervoor

• doorsnede : beide begrippen moeten allebei tegelijk voorkomen
  AND tussen zoekwoorden of setnummers
  bijv. vegetables AND cancer
  bijv. #3 AND #4
• vereniging : het is voldoende als een van de twee begrippen voorkomt
  OR tussen zoekwoorden of setnummers
  bijv. vegetables OR fruit
  bijv. #1 OR #2
• uitsluiten : wel de eerste, niet de tweede
  NOT tussen zoekwoorden of setnummers
  bijv. colon cancer NOT polyposis
  - Waarschuwing: ook records die beide elementen bevatten worden uitgesloten.
  - HINT: NOT-combinatie is zeer geschikt om na een volgende zoekactie de records uit een vorige, reeds bekeken zoekactie uit te sluiten:
  bijv. #8 NOT #4
• prioriteit opgeven met haakjes, om de volgorde van combineren vast te leggen
  bijv. (vegetables OR fruit) AND (cancer OR neoplasms) AND prevention
• combineren van sets:  # (hekje) voor setnummers
  bijv. #1 AND (#2 OR #3)
  HINT: voor duidelijkheid is het vaak handiger om toch de setnummers weer in te vullen; bij opslaan in My NCBI worden setnummers automatisch ingevuld.

truncatie
woordstam met wildcards - alleen bij zoeken op woorden in de tekst van de records
LET OP: met wildcard wordt GEEN automatic term mapping uitgevoerd
alleen eindtruncatie (vanaf 2e positie): * (sterretje) voor willekeurig aantal lettertekens

stappen

1. kies vorm van zoeken
   • direct zoeken zowel op onderwerp als op tekstwoorden (default)
     1. eerste onderwerp
        1. klik in de zoekregel
           type woord of phrase van eerste onderwerp
           klik [Search]
        2. controleer het resultaat: klik [Advanced Search] > [Details]
     2. herhaal deze stappen bij de volgende onderwerpen
   • zoeken op onderwerp
     [MeSH Database] (linker kolom)
     1. eerste onderwerp
        1. klik in de zoekregel
           type woord of phrase
           HINT: geef het begin van een woord om via een lijst trefwoorden te selecteren
           klik [Go]
        2. klik op een relevante MeSH-term
           of probeer een ander zoekwoord
        3. kijk naar de MeSH-tree: eventueel kun je door op een bredere of smallere MeSH-term te klikken hoger of lager in de MeSH-boom gaan zitten
           [v]ink subheading(s) aan indien gewenst
           [v]ink eventueel Restrict to major topic
           [Send to] [Search Box with AND]
     2. herhaal deze stappen bij de volgende onderwerpen
        kies dan hoe de combinatie gemaakt moet worden:
         [Send to] [Search Box with AND]
         of [Send to] [Search Box with OR]
         of [Send to] [Search Box with NOT]
        en plaats eventueel haakjes als ze niet goed staan.
     3. klik tenslotte [Search PubMed]
     4. de zoekactie kan verder bewerkt of aangevuld worden
2. klik [Advanced Search] > Search History
   maak zinvolle combinaties, bijv. #1 AND (#2 OR #3)
3. eventueel aanvullend speciaal zoeken
   • [Advanced Search] > Limits = inperken op specifiek veld (titel, auteur, tijdschrifttitel), taal, leeftijd, publicatietype e.d.
     LET OP: zet bij de volgende zoekactie [Limits] weer uit door de [v]ink te verwijderen.
   • [Preview] = zoeken via alfabetische lijsten (alle velden of specifiek veld)
4. pas de zoekacties aan tot het gewenste resultaat is verkregen
5. korte weergave op het scherm na elke zoekactie
6. eventueel lange weergave op het scherm (via [Display Settings] > wijzigen > [Apply])
7. selecteer relevante records: [v]ink selectievakje aan
8. plaats eventueel op prikbord: [Send to] [Clipboard]
9. haal prikbord op: [Clipboard]
10. zet in de juiste vorm op het scherm: [Display Settings]
11. print relevante records of sla op als file

begin

Weergave op het scherm

1. korte weergave
   • na elke zoekactie staan de eerste 20 records in formaat [Summary] op het scherm
   • omvat
     - auteurs (klikbare koppeling naar formaat [Abstract] voor deze record)
     - titel
     - brontijdschrift
     - identificatienummers van PubMed en Index Medicus
2. wijzig aantal via [Display Settings] > wijzig > [Apply] (default: 20)
3. wijzig formaat via [Display Settings]; belangrijkste layouts zijn:
   • [Summary] = auteur, titel, bron, icon waaraan te zien is of er een samenvatting is (lijntjes) en of er gratis fulltext is (groen of oranje+groen balkje)
   • [Abstract] = auteurs, titel, bron, samenvatting, eventueel koppelingen naar fulltext; alleen [online available for Erasmus MC] zou correct moeten zijn; MeSH-termen (eventueel openklikken)
   • [Medline] = idem maar in gecodeerde vorm; geschikt voor inlezen in EndNote
4. selecteren van records voor verdere bewerking
   1. markeer op eerste pagina de relevante records: [v]ink selectievakjes aan
   2. klik [Send to] [Clipboard]
      LET OP: als geen records werden geselecteerd komen alle records op het prikbord
   3. ga naar volgende bladzijde [2]: herhaal 4.1, 2, 3
   4. herhaal eventueel met andere zoekacties
5. tekst weergeven op het scherm
   1. klik [Clipboard]
   2. wijzig aantal en formaat (zie 2 en 3)
      om alsnog records van prikbord te verwijderen: [v]ink aan en klik [Remove selected items]
          (LET OP: indien GEEN records aangevinkt: gehele prikbord wordt leeggemaakt)
6. [Display Settings]
   => alle records van het prikbord (of, indien prikbord niet gebruikt, alle aangevinkte records uit de oorspronkelijke set) worden op de gekozen manier weergegeven

begin

Afdrukken

Klik [File] => [Print Preview] om de inhoud van het venster in af te drukken vorm te zien; klik dan [Print] om af te drukken
(PAS OP: kan vele pagina's lang zijn!)
HINT: klik eerst [Send to] [Text] om in eenvoudig tekstformaat weer te geven alvorens te printen!

begin

Opslaan als file

LET OP: voor inlezen in EndNote is het nodig de records weer te geven in formaat Medline!!!

1. kies als doel (achter [Send to]): [File] > Format=[Medline] > [Create File]
2. kies drive en subdirectory
   HINT: stuur naar Desktop / Bureaublad
3. geef een zinvolle filenaam, bijv. myfile.txt (gebruik ALTIJD de extensie .txt)
4. [Save]

Inlezen in EndNote

1. open EndNote
2. open databank waarin u wilt importeren
3. klik [File] => {Import]
4. selecteer bestand in de 1e regel
5. selecteer filter [PubMed(NLM)] in de 2e regel
   (is het filter aangepast? zie EndNote-handleiding)
6. selecteer wat moet gebeuren met reeds aanwezige records in de 3e regel
   * altijd inlezen
   * dubbelne weggooien
   * dubbelen naar aparte databank met dubbelen (opent automatisch)
7. klik [Import]

begin

Voorbeeldvragen

A. zoeken op onderwerp EN tekstwoorden
Analyseer het probleem en formuleer een concrete vraag in de vorm van een volzin:
Helpen groente en fruit bij het voorkomen van dikkedarmkanker?
Zoekwoorden: vegetables, fruit, colon cancer, prevention

1. Klik in de zoekregel => tik in: vegetables => [Search]
   PubMed laat de records 1 – 20 in Summery format zien
2. [Details] om te zien wat PubMed heeft gezocht: 'vegetables' als MeSH-term en als tekstwoord
3. [Clear] de zoekregel => tik in: fruit => [Search]
4. [Details] => 'fruit' als MeSH-term en als tekstwoord
5. [Clear] de zoekregel => tik in: colon cancer => [Search]
6. [Details] => 'colonic neoplasms' als MeSH-term OR 'colon cancer' als tekstwoord
7. [Clear] zoekregel => tik in: prevention => [Search]
8. [Details] => 'prevention and control' als subheading OR 'prevention' als tekstwoord
9. [History] => setnummers combineren met AND, OR of NOT
10. [Clear] zoekregel => tik in: (#1 OR #2) AND #3 AND #4 => [Search]

U had natuurlijk ook kunnen zoeken: (vegetables OR fruit) AND colon cancer AND prevention.

B. Zoeken op onderwerp: via de MeSH-browser
alle artikelen die gaan over preventie van dikkedarmkanker door eten van groente of fruit

1. [MeSH Database] (linker kolom)
2. voor de eerste zoekterm
   1. klik in de zoekregel => tik in: vegetables => [Go]
   2. klik op de MeSH-term [Vegetables] => er komen keuzelijsten
   3. hier hebben we geen subheading nodig
   4. [v]ink eventueel Restrict to major topic
   5. [Send to] [Search Box with AND] (bij 1e niet relevant)
3. voor de tweede zoekterm
   1. klik in de zoekregel => tik in: fruit => [Go]
   2. dit is een correcte MeSH-term
   3. [fruit] => er komen keuzelijsten
   4. hier hebben we geen subheading nodig
   5. [v]ink eventueel Restrict to major topic
   6. [Send to] [Search Box with OR] (hier wel relevant)
4. voor de derde zoekterm (prevention is een subheading bij colon cancer)
   1. klik in de zoekregel => tik in: colon cancer => [Go]
   2. dit is een geldig alternatief voor colonic neoplasms
   3. [Colonic Neoplasms] => er komen keuzelijsten
   4. [v]ink relevante subheading: prevention and control
   5. als artikelen erover moeten gaan: [v]ink dan Restrict to major topic aan
   6. [Send to] [Search Box with AND (wel relevant)
5. [Search PubMed] => korte weergave
6. OPMERKING: zonder haakjes is het goed gegaan omdat PubMed van voor naar achter zoekacties afwerkt (sommige databanken doen eerst AND, dan OR - dan zijn haakjes nodig; in omgekeerde volgorde was er wat fout gegaan:
   (in [Details]): colonic neoplasms/prevention and control[MAJR] AND vegetables[MAJR] OR fruit[MAJR]
   was eerst AND en daarna OR uitgevoerd. Het is mogelijk in de zoekregel haakjes toe te voegen rondom de OR-combinatie zodat die eerst wordt uitgevoerd:
   colonic neoplasms/prevention and control[MAJR] AND (vegetables[MAJR] OR fruit[MAJR])

C. Zoeken via limits

C1. bijv. eerdere zoekactie inperken op leeftijd

1. haal eventueel eerst de relevante zoekactie op via [History]
2. [Limits]
3. [Ages]
4. [relevante leeftijdscategorie of groep]
5. [Go] => korte weergave

C2. bijv. eerdere zoekactie inperken op alleen Nederlandstalige artikelen

1. maak een relevante zoekactie (al aanwezig op [History]?)
2. [Limits]
3. onder [Languages] kunt u Dutch klikken (meer dan een: control-klik de volgende)
4. [Go] => korte weergave
5. als de methode bekend is kun je soms sneller de limit in de zoekactie opgeven: taal 'dut' in het language-veld (code: [la]):
   typ op de zoekregel direct achter de relevante zoekactie:  AND dut[la]

begin

Quick References voor databanken
Overzicht verschillende databanken
Online PublieksCatalogus OPC
PubMed (Medline)
PubMed/MyNCBI (attendering)
EMbase (EMbase.com)
PsycINFO (OvidSP)
PiCarta (Online Contents, NCC)
Web-of-Science
Clinical Evidence
Cochrane
UpToDate

13-12-11 / MB-CBI