MB-Handleiding Overzicht databanken

PDF

Inhoudsopgave

1.. Zoeken in databanken: verschillen en overeenkomsten.. 2

2.. MB-Catalogus (OPC) 3

3.. PubMed (Medline) 4

4.. EMbase. 6

5.. PsycINFO (OvidSP) 8

6.. PiCarta (Online Contents + NCC) 9

7.. Web-of-Science (WoS) in bewerking. 10

8.. Samenvatting. 11

9.. Quick References voor databanken.. 11

Medische Bibliotheek Erasmus MC

Heeft u opmerkingen en/of aanvullingen? Stuur deze per e-mail naar:
info.mb@erasmusmc.nl

laatste wijziging: 06/10/2009

1. Zoeken in databanken: verschillen en overeenkomsten

Alle genoemde databanken zijn te bereiken via koppelingen in de MB-Homepagina (via het menu [Zoek bibliografische informatie] in de linkerkolom, via quicklinks 01 t/m 07 in de rechterkolom), of via de MB-Startpagina (vanuit MB-home: linkerkolom [MB-Startpagina] of rechterkolom onderaan [quicklink 15 - Alle QuickLinks].

Deze Quick Reference geeft een overzicht van de verschillen tussen de belangrijkste bibliografische databanken die voor Erasmus MC en EUR beschikbaar zijn. Voor de specifieke handelingen wordt verwezen naar de Quick Reference van de desbetreffende databank.

Schema voor maken van combinaties in zoekacties:

andornot.gif (3418 bytes)

vereniging
(vergroten)

doorsnede
(verkleinen)

uitsluiting
(behalve)

2. MB-Catalogus (OPC)

OPC staat voor Online PublieksCatalogus.

Inhoud
elektronische catalogus van de Medische Bibliotheek (MB)

Bereiken
o.a. via MB-home > quicklink 05.

Gebruiksdoel
- boekencollectie van de Medische Bibliotheek
- in principe tijdschriftencollectie; beter: internet-programma MB-journals (quicklink 08)
- NIET voor zoeken van verwijzingen naar tijdschriftartikelen; daarvoor zijn andere genoemde databanken (PubMed, EMbase e.d.)

Toegankelijkheid
- vanuit elke internetlocatie, dus niet alleen vanuit Erasmus MC, EUR of via VPN-portal
- NIET via VPN-portal van Erasmus MC

Zoekmogelijkheden
- eenvoudig van opzet: alleen zoeken in de tekst van de records; er zijn wel trefwoorden, maar zoeken op onderwerp (zoals in PubMed via MeSH) is niet mogelijk

meervoudige zoektermen bij elkaar houden met aanhalinsgtekens: "colon cancer"

truncatie (woordstam met wildcard): wildcard vanaf 2e positie
* of ? = eindtruncatie of middentruncatie met willekeurig aantal letters
     bijv1: handb*
     bijv2: hyp*tens* (hypertens.., hypotens...+ ...ive, ...ief, ...ion, ...ie)
# = 0 of 1 teken
     bijv. human# (human, humans)
! = exact 1 teken
     bijv. wom!n (woman, women)

combinaties
vereniging
     met losse woorden, bijv. groente fruit: opdracht: [zoeken [of]], vervolgopdracht: [vergroten]
     tussen zoekwoorden opgeven: OR of OF of , bijv. groente OR fruit
doorsnede
     met losse woorden, bijv. groente kanker: opdracht: [zoeken [en]], vervolgopdracht: [verkleinen]
     tussen zoekwoorden opgeven: AND of EN of & , bijv. groente AND kanker
     meervoudige zoektermen: bij elkaar houden met aanhalinsgtekens: "colon cancer"
uitsluiting
     met losse woorden, alleen in vervolgopdracht: [uitsluiten]
     tussen zoekwoorden opgeven: NOT of NIET of - , bijv. longziekten tuberculose
prioriteit
     geef haakjes voor prioriteit, anders gaan AND, EN, NOT en NIET voor OR en OF
          bijv. (groente* OR vegetable* OR fruit) AND (dikkedarmkanker OR "colon cancer")
          AND prevent*
setnummers
     verzamelingen te combineren via setnummers (zie [zoekgeschiedenis voor setnummers)
          bijv. (s1 OR s2) AND (s3 OR s4)

QR-OPC

Helpfunctie OPC

3. PubMed (Medline)

Algemene medische en biologische databank met verwijzingen (waarvan vele met samenvatting) naar artikelen in circa 5000 internationale tijdschriften in 50 verschillende talen. PubMed en Medline worden geproduceerd door de National Library of Medicine (NLM) in de VS.

Beschikbaar met zoekprogramma PubMed op de server van de NLM (geheel vrij toegankelijk via het internet). Kan ook via Connect-functie in EndNote worden gebruikt, maar dan lastig om zoekacties aan te passen aan de hand van de gevonden resultaten.

Tijdschriften op gebied van fundamentele en specialistische geneeskunde.

Bevat ook onderwerpen uit de psychologie en psychiatrie, maar deze zijn vooral somatisch gericht.
Advies: voor meer op de psyche gerichte onderwerpen: gebruik of vul aan met PsycINFO.

Diverse onderwerpen in de technische basisvakken kunnen worden gemist omdat verwijzingen naar artikelen in de desbetreffende tijdschriften selectief worden opgenomen in Medline. PubMed zou dergelijke tijdschjriften wel cover-to-cover opnemen.
Advies: zoek voor technische onderwerpen ook in PiCarta en Web-of-Science.

Aanbod van Nederlandstalige tijdschriften is zeer beperkt (o.a. Nederlands Tijdschrift voor de Geneeskunde).
Advies: zoek Nederlandstalige informatie ook in EMbase en PiCarta/Online Contents.

Records zijn voorzien van standaard trefwoorden uit de MeSH-thesaurus (Medical Subject Headings); veel MeSH-terms bevatten subheadings die een functionele inperking geven, bijv ziekte/diagnose.
Er zijn goede mogelijkheden tot gericht zoeken op onderwerp:
- inperking op gebruik als hoofdtrefwoord (Major Topics)
- aanvulling met Subheadings
- automatisch meenemen van kleine takken bij zoeken van dikke stammen in de MeSH-tree (Explode)

Aanwezige periode en updatefrequentie (gegevens: september 2009):
- 'As supplied by publisher': 1873 tot ca halfjaar vooruit; bijna dagelijks bijgewerkt; 473.000 records nog zonder MeSH-termen
- 'in process': 1900 tot ca 3 maanden vooruit; bijna dagelijks bijgewerkt; 304.000 records nog zonder MeSH-termen
- 'Indexed for Medline': 1902 (meeste vanaf 1966) tot ca heden (bijna dagelijkse update; 1.762.000 records)
- 'OldMedline': 1942 tot 1965; 409.000 records; vooral oude niet met MeSH-termen
- 'PubMed': 1865 tot ca heden; 355.000 records; krijgen geen MeSH-termen

Standaard maakt PubMed automatisch een OR-combinatie van zoeken op onderwerp en zoeken op tekstwoorden

Automatic Term Mapping: het zoekprogramma probeert in standaard omstandigheden (alle velden, geen woordstam met wildcard, geen "quoted phrases") de opgegeven zoekwoorden altijd via vertaallijsten om te zetten in o.a. MeSH-termen
- als dit lukt wordt verder gezocht met de gevonden MeSH-term in het trefwoordenveld en aangevuld met de opgegeven zoekwoorden in de tekst van de records
- als een van de zoekwoorden als subheading is herkend dan wordt dit gezocht in het trefwoordenveld, ongeacht aan welke MeSH-termen het is gekoppeld

Explode wordt altijd automatisch gemaakt, ook van gelijksoortige subheadings (bijv. alle vormen van therapie)

MeSH Database is een aparte databank om uitsluitend op onderwerp te zoeken

Related Records: bij alle Medline-records in PubMed is er een link naar ruim 100 records over hetzelfde onderwerp

Zoeken op tekstwoorden (textword search, d.w.z. in de 'platte tekst' van de records):
zoeken op tekstwoorden gebeurt standaard samen met zoeken op onderwerp; voor alleen zoeken op tekstwoorden:
- als een woordstam met wildcard of een "quoted phrase" wordt opgegeven
- als gezocht wordt met menu-optie [Preview/Index]
Advies: om tevens op onderwerp te zoeken: geef als zoekopdracht hele woorden in OR-combinatie met woordstam*,
bijv. infection OR infect*

meervoudige zoekwoorden bij elkaar houden met aanhalingstekens, bijv. "heart infarction" (maar dan geen automatic term mapping en geen truncatie mogelijk); wel: heart infarct*[veldcode]

truncatie (woordstammen met wildcards)
vanaf 2e positie
* = eindtruncatie met willekeurig aantal letters

combineren
vereniging : OR
doorsnede : AND
uitsluiting : NOT
LET OP: operators bij voorkeur in HOOFDLETTERS
haakjes voor prioriteit; zonder haakjes van links naar rechts afgehandeld

verzamelingen (zie [History]): #1 AND (#2 OR #3)
LET OP: # voor setnummers
HINT: handiger om geen setnummers te gebruiken maar zoekacties in te vullen (eventueel via kopiëren en plakken met een Word-document)

zoekacties op te slaan via MyNCBI; setnummers worden automatisch vervangen door de desbetreffende zoekacties
hierbij is het mogelijk direct een attendering op te zetten. Zie de handleiding Attendering via PubMed (MyNCBI).

QR-PubMed

QR-MyNCBI

4. EMbase

Is bij Erasmus MC beschikbaar via Elsevier als EMbase.com; toegang alleen via de netwerken van Erasmus MC en EUR, of via de VPN-portals van deze instellingen.

Tijdschriften op gebied van fundamentele en specialistische geneeskunde, in vergelijking met Medline wat meer Europese tijdschriften, wat minder niet-Europese tijdschriften, wat meer farmacologisch-farmaceutische tijdschriften; waar Medline congresverslagen onder één titel opneemt bevat EMbase de individuele bijdragen als aparte records.

Bevat ook onderwerpen uit de psychologie en psychiatrie, maar deze zijn vooral somatisch gericht.
Advies: voor meer op de psyche gerichte onderwerpen: gebruik of vul aan met PsycINFO.

In EMbase.com is getracht de records die wel in Medline voorkomen maar niet in EMbase als unieke Medline-records op te nemen, zij het voorzien van EMtree-terms i.p.v. MeSH-terms. Daarmee zou het voldoende zijn om voor het samenstellen van systematische reviewartikelen alleen in EMbase zoekacties te doen. In PubMed zijn ook artikelen aanwezig die nog niet tot Medline-records zijn bewerkt. Deze recente artikelen worden dan gemist.

Aanwezige periode (gegevens september 2009):
- EMbase: 1964 tot ca een halfjaar vooruit; 13.200.00 records
- Medline: 1902 (meeste 1966) tot heden; 19.700.000 records
- uniek EMbase: 4.836.000 records (22,5%)
- uniek Medline: 8.339.000 records (38,8%)
- zowel EMbase als Medline: 8.358.000 records (38,7%)

Aanbod van Nederlandstalige tijdschriften is groter dan in Medline.

Records zijn voorzien van standaard trefwoorden uit de EMtree-thesaurus (komt overeen met de MeSH-thesaurus met functionele boomstructuur); de termen kunnen wat verschillen; niet alle EMtree-terms bevatten subheadings, wel medical terms en drug terms.
In vergelijking met Medline (PubMed) bevatten records veel meer subject headings (Medline: 10 tot 20; EMbase: 20 tot 250), waarbij de doelmatigheid vaak ver te zoeken is.
Er zijn mogelijkheden tot
- inperking op gebruik als hoofdtrefwoord (Major Topics)
- aanvulling met Subheadings
- automatisch meenemen van kleine takken bij zoeken van dikke stammen in de MeSH-tree (Explode)

Zoeken op onderwerp (via de EMtree-trefwoorden):

[Advanced Search]
voor algemene standaard trefwoorden uit de EMtree-thesaurus zonder subheadings; denk aan: aanhalingstekens om meervoudige termen bij elkaar te houden; meer zoektermen direct te combineren met AND, OR, NOT en haakjes voor prioriteit; ook automatisch een OR-combinatie van zoeken op onderwerp en zoeken op tekstwoorden

[Drug Search]
voor chemische stoffen, met subheadings en toedieningsweg; denk aan: aanhalingstekens om meervoudige termen

[Disease Search]
voor ziekten, met subheadings; denk aan: aanhalingstekens om meervoudige termen

[EMtree Tool]
- [Find Term] menu-gestuurd naar boomstructuur
- [Browse by Facet] via brede gebieden naar steeds smallere onderwerp
- [Query Builder] om menu-gestuurd of via bepaalde syntax een samengestelde zoekactie op te bouwen

Term Mapping: het zoekprogramma probeert met hele woorden de opgegeven zoekwoorden om te zetten in EMtree-termen; als dit lukt wordt verder gezocht met de gevonden EMtree-term in het trefwoordenveld en aangevuld met de opgegeven zoekwoorden in de tekst van de records

subheading zijn (nog) niet als losse eenheden te zoeken; zij komen alleen voor in combinatie met een ziekte of chemische stof

Related Records: bij alle records in EMbase is er een link naar records over hetzelfde onderwerp; de vraag is of dit echt zinvol is

Zoeken op tekstwoorden (in de 'platte tekst' van de records):

als de selectbox is aangevinkt gebeurt zoeken op tekstwoorden direct samen met zoeken op onderwerp;

voor alleen zoeken op tekstwoorden:
- via [Quick Search] en vinkje bij mapping weghalen

truncatie (woordstammen met wildcards)
- midden of eind; zet de 1^e wildcard na minimaal twee letters
* = willekeurig aantal letters
? = exact één letter

combineren
- vereniging : OR
- doorsnede : AND
- uitsluiting : NOT
- proximity: woord1 NEAR/x woord2 (zonder 'quotes');
bijv. (heart NEAR/3 infarct*):ti,ab betekent: heart - maximaal drie willekeurige woorden – infarct of infarcted of infarction voorkomend in titel of samenvatting; volgorde mag ook andersom
LET OP: operators moeten in HOOFDLETTERS
- haakjes voor prioriteit; zonder haakjes van links naar rechts afgehandeld
- verzamelingen: #1 AND (#2 OR #3)
LET OP: # voor setnummers

meer woorden bij elkaar houden met 'enkele aanhalingstekens'; zonder quotes altijd automatisch in AND-combinatie gezet

QR-EMbase

5. PsycINFO (OvidSP)

Bibliografische databank met verwijzingen (waarvan vele met samenvatting) naar geselecteerde artikelen uit vele internationale tijdschriften en boeken op het gebied van de psychologie, psychiatrie en gedragswetenschappen in vele talen. PsycINFO wordt geproduceerd door de American Psychological Association (APA) in de VS.

Is beschikbaar met het interface OvidSP via internet (vanuit Erasmus MC, EUR en VPN-portals van Erasmus MC en MyEUR/ERNA).

Is vooral gericht op geestelijke aspecten en gedrag
Advies: voor meer somatisch gerichte onderwerpen: vul aan met PubMed en EMbase.

Aanbod van Nederlandstalige tijdschriften is zeer beperkt.
Advies: zoek Nederlandstalige informatie in PiCarta.

Records zijn voorzien van standaard trefwoorden uit de Psychological Index Terms (APA-thesaurus met functionele boomstructuur)

Er zijn mogelijkheden tot:
- inperking op gebruik als hoofdtrefwoord (Major Topics)
- automatisch meenemen van kleine takken bij zoeken van dikke stammen in de APA-tree (Explode)
(er zijn geen subheadings zoals in Medline en EMbase).

Aanwezige periode
- 1806 tot enkele maanden geleden; kan eventueel ook in deeldatabanken worden gebruikt
Advies: voor zeer recente records zoek ook in PubMed, eventueel aangevuld met PiCarta.

Zoeken op onderwerp gebeurt gelijk met zoeken op tekstwoorden
kan ook worden uitgeschakeld via selectboxes.

Term Mapping: via tussenpagina Thesaurus probeert het zoekprogramma een opgegeven zoekwoord om te zetten in APA-termen. U kunt zelf kiezen uit een lijst welke term u wilt gebruiken.

Explode moet apart worden aangegeven, Major Topics moet altijd worden aangegeven: ... in mj

Zoeken op tekstwoorden:

truncatie (woordstammen met wildcards)
* = midden- of eindtruncatie met willekeurig aantal letters
? = midden- of eindtruncatie met 0 of 1 letter
# = midden- of eindtruncatie met exact 1 letter

combinaties
- vereniging : OR
- doorsnede : AND
- uitsluiting : NOT
- ADJn : woorden in hetzelfde veld in de opgegeven volgorde; maximaal n woorden ertussen
ADJ = ADJ1
- haakjes voor prioriteit
- verzamelingen aangeven met # (hekje): #1 AND (#2 OR #3)

QR-OvidSP(PsycINFO)

6. PiCarta (Online Contents + NCC)

PiCarta is een combinatiedatabank met o.a.
- Nederlandse Centrale Catalogus (NCC), een samenvattende catalogus van de meeste wetenschappelijke en openbare bibliotheken,
- Online Contents (OLC), een databank met inhoudsopgaven van ruim 12.500 tijdschriften (waaronder veel Nederlandstalige en ook veel niet-medische).
Verwijzingen die in de eigen bibliotheek staan zijn apart als zodanig aangegeven (dit geldt helaas alleen voor de Universiteitsbibliotheek EUR). Verder is vermeld in welke andere bibliotheken de verwijzing te vinden is (ook in de Medische Bibliotheek EUR).

De PICA-databanken worden samengesteld door PICA/OCLC, een instelling die werkt aan automatisering in de bibliotheekwereld. Via PICA-menu kunnen ook andere combinaties van deeldatabanken worden opgegeven (alleen Nederlandstalig, op onderwerp, bijv. alleen medisch.

De databanken (behalve de catalogi van bibliotheken) zijn afgeschermd op IP-adres. Daardoor zijn deze alleen te raadplegen vanuit Erasmus MC en EUR. De normale VPN-verbinding met Erasmus MC is te geavanceerd; deze loopt direct al vast. De ERNA-portal geeft geen problemen, evenals de VPN-Citrix-verbinding van Erasmus MC (zie handleiding VPN-portals).

PiCarta is geschikt voor zoeken van artikelen in Nederlandstalige, paramedische en niet-(para)medische tijdschriften die niet in Medline voorkomen.
Advies: gebruik voor zoeken van artikelen in internationale, medische tijdschriften: PubMed.

Records zijn wel voorzien van trefwoorden maar niet uit een standaard trefwoordensysteem.

Aanwezige periode en updatefrequentie
- 1992 tot ca heden
- bijna dagelijks bijgewerkt

zoeken op onderwerp is niet mogelijk

alleen zoeken op tekstwoorden (alle velden of veldkeuze):

default: [zoeken (of)]; te wijzigen in [zoeken (en)]

truncatie (woordstammen met wildcards)
- vanaf 2e positie
* of ? = midden- of eindtruncatie met willekeurige reeks letters
# = midden- of eindtruncatievoor 0 of 1 letter
! = midden- of eindtruncatie voor exact 1 letter

combineren (niet alle mogelijkheden zijn opgesomd)
- vereniging:
     OR of OF of | of spatie tussen zoekwoorden (met [zoeken (of)])
     of [vergroten] i.p.v. [zoeken (of)] in vervolgopdracht
- doorsnede:
     EN of & tussen zoekwoorden of + voor zoekwoorden
     spatie tussen zoekwoorden met [zoeken (en)] i.p.v. [zoeken (of)]
     of [verkleinen] i.p.v. [zoeken (of)] in volgopdracht
- proximity
     BIJ of ~ tussen zoekwoorden: max. 2 woorden ertussen
     NEAR tussen zoekwoorden: woorden in dezelfde zin
- uitsluiting:
     NOT of NIET tussen zoekwoorden of - voor zoekwoord
     of [behalve] i.p.v. [zoeken (of)] in vervolgopdracht
- haakjes voor prioriteit;
     zonder haakjes automatische prioriteit: NEAR, BIJ > AND, EN, NOT, NIET > OR, OF
          bijv. (groente of fruit) en kanker
- sets (verzamelingen) menugestuurd te combineren vanuit overzicht van uitgevoerde zoekacties

LET OP : phrases (bij elkaar behorende woorden met spaties)
- met [zoeken (of)] wordt spatie geïnterpreteerd als OR
- met [zoeken (en)] wordt spatie geïnterpreteerd als AND

QR-PiCarta

7. Web-of-Science (WoS) in bewerking

Groep van vijf databanken met verwijzingen (waarvan vele met samenvatting) naar artikelen in ruim 4000 internationale tijdschriften in vele talen:
- Science Citation Index (SCI)
- Social Sciences Citation Index (SSCI)
- Arts & Humanities Citation Index (A&HCI)
- Conference Proceedings Citation Index – Science (CPCI-S)
- Conference Proceedings Citation Index – Social Sciences & Humanities (CPCI-SSH)

WoS wordt geproduceerd door het Institute of Scientific Information (ISI) in de VS. De databanken zijn alleen toegankelijk vanuit EUR, Erasmus MC en via de VPN-portals.
Opmerking: via de gewone VPN-verbinding is de schermindeling gestoord. Dit is geen probleem met de VPN=Citrix-verbinding (zie handleiding VPN-portals).

De secties van WoS beschikken niet over een echte thesaurus, maar de trefwoorden zijn wel min of meer gestandaardiseerd.

De kracht van WoS ligt in de mogelijkheid om in referentielijsten bij artikelen te zoeken. Uitgaande van een oud, gerenommeerd artikel kunnen recente artikelen waarin wordt verwezen naar dat oude artikel, worden opgespoord.
Wetenschapsbeoefenaren gebruiken WoS graag om te zien hoe vaak naar hun eigen artikelen is verwezen en door wie.

Voor algemeen medisch-biologische vragen kan beter PubMed worden gebruikt, maar technische aspecten van methoden en apparaten zijn soms beter in SCI en PiCarta vertegenwoordigd.

Aanwezige periode en updatefrequentie
- ons abonnement start in 1988 tot heden
- wekelijkse bijgewerkt

Zoeken op onderwerp: is niet mogelijk; er is geen echte thesaurus met standaardtrefwoorden

Zoeken op tekstwoorden
Topic Search = zoek opgegeven woorden in Title, Abstract, Keywords

Search: zoeken van originele artikelen op tekstwoorden (titel, samenvatting, trefwoorden, auteur e.a.)

Cited Reference Search: zoeken van artikelen waarin naar het opgegeven artikel wordt verwezen

Truncatie (woordstammen met wildcards)
- vanaf 2e positie
* = midden- of eindtruncatie met willekeurig aantal letters (ook 0)
? = midden- of eindtruncatie voor exact 1 letter
$ = midden- of eindtruncatie voor 0 of 1 letter
bijv. organi?ation* => ? is 's' of 'z'; * = niets of 's' of 'al'
bijv. tumo$r => tumor OR tumour

combinaties
- vereniging: OR tussen zoekwoorden
- doorsnede: AND tussen zoekwoorden
- SAME = twee woorden in de zelfde zin
- uitsluiting: NOT tussen zoekwoorden
- phrase is mogelijk om woorden bij elkaar te houden: "neck pain"
"woord1 stopwoord woord2" betekent: eerst woord1, dan willekeurig woord, dan woord2
"neck and and and pain" => 'neck', dan drie woorden, dan 'pain'
- haakjes voor prioriteit
- sets combineren: #1 AND (#2 OR #3)

QR-WoS