Conventies:
Te typen woorden: tik dit in
Te klikken button of link: [button]
Literatuurzoeken |
| Hoofdstuk 6.1: Zoeken in PubMed |
Paragrafen
Inleiding
Starten
Eenvoudige zoekactie
Korte weergave
Intermezzo: effect van zoekwoorden op resultaat
Zoeken op woordstam: truncatie en wildcard
Zoeken met limits
Zoeken via indexen
Combineren van woorden of resultaten
Zoeken op onderwerp: via de MeSH Database
Maken van updates
Start een nieuwe zoekactie met een leeg scherm
Hoofdstuk 6.2: Weergeven in PubMed
Dit hoofdstuk betreft het gebruik van PubMed via Netscape of Internet Explorer in de dagelijkse praktijk:
|
Doe wat in
het kader staat.
Conventies:
|
Ga eerst naar de website van de Medische Bibliotheek: http:/www.erasmusmc.nl/medbib. Klik daar op de link naar PubMed. Wie handig is zet de URL van de MB-home-/startpagina bij de bookmarks of favorieten.
In de koppeling naar PubMed zorgt een code ervoor dat bij veel artikelen een icoon staat die aangeeft dat de volledige tekst via internet voor ons bereikbaar is. Deze code is te zien op de adresregel:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?myncbishare=erasmusmc&dr=citation&holding=inleurlib_fft
Het is het stukje '?holding=inleurlib_fft' ('inleurlib' voor afgeschermde informatie, '_fft' voor free full text); '?myncbishare=erasmusmc' zorgt ervoor dat bepaalde filters worden ingeschakeld en gevonden woorden een kleur krijgen.
|
Start PubMed via de homepage van de Medische Bibliotheek |
Openingsscherm
Het openingsscherm ziet er zo uit:
In het openingsscherm staat achter 'Search:' een pulldown menu naar diverse databanken. In deze vaardigheidstraining gebruiken we alleen PubMed. We bespreken hier de menu-opties die op dit moment van belang zijn.
De balk bovenaan:
 |
|
| Search:
PubMed :
databank-keuze Advanced search : uitgebreidere functie: zie onder Help : helpfuncties van PubMed lege zoekregel : zoektermen opgeven Search : zoekactie starten Clear : zoekregel leegmaken voor de volgende opdracht |
|
Onderaan:
 |
helpfuncties van PubMed |
 |
Single Citation Matcher
vind artikel als enkele bibliografsche gegevens bekend zijn (tijdschrift en auteur automatisch via index) Batch Citation Matcher
Clinical Queries Topic-Specific Queries |
 |
MeSH Database menu-gestuurde, doelgerichte zoekacties via het NLM-trefwoordensysteem Medical Subject Headings Journals Database Clinical Trials E-utilities |
 |
informatie over specifiek onderwerp (ten tijde van bewerken van deze handleiding was dat de Mexicaanse griep) |
|
klik [Advanced Search] |
venster:
Advanced Search
(met ingeklapte functies)
klik (+) om uit te klappen
 |
toont laatste vijf uitgevoerde zoekacties > klik [More History] om alles weer te geven (bij meer dan 5 sets) > klik [Clear History] om leeg te maken > klik [aantal] (onder Result) om weer te geven > klik [#nr] voor diverse opties, o.a. Delete set of Details |
 |
menugestuurd zoeken naar - auteur - tijdschrift - publicatiedatum - andere velden eventueel meer zoekregels |
 |
Limits instellen meer groepen met AND gecombineerd meer items binnen groep: Dus: |
 |
Zoeken via alfabetische lijsten en dan toevoegen aan zoekregel |
 |
Clinical Queries zoeken in PubMed naar informatie over diagnose, therapie, etiologie of prognose, met gebruikmaking van methodologische filters om in te perken op sensitiviteit (vindt de meest relevante artikelen) of specificiteit (vindt de meeste relevante artikelen) Topic-Specific Queries speciale zoekacties in voorbereide deelverzamelingen MeSH menu-gestuurde, doelgerichte zoekacties via het NLM-trefwoordensysteem Medical Subject Headings Journals zoeken van tijdschriften Single Citation Matcher vind artikel als enkele bibliografsche gegevens bekend zijn (tijdschrift en auteur automatisch via index) |
We beginnen met een voorbeeld van een zoekactie die antwoord moet geven op de vraag:
Helpt groente bij voorkómen van dikkedarmkanker?
Medline is een Amerikaanse databank waarin de zoekacties in het Engels moeten worden opgegeven. We vertalen de vraag tot:
Are vegetables helpfull in prevention of colon cancer?.
De stappen bij het uitvoeren van een zoekactie zijn:
1. typ de zoekterm op de zoekregel (maak deze eventueel eerst leeg met Clear)
2. Klik Search (een druk op de <Enter>-toets mag ook, maar bij
andere schermen heeft dit niet steeds het gewenste effect)
|
Zoek artikelen over vegetables |
De uitgebreide weergave komt aan de orde in Hoofdstuk 6.2: Weergeven in PubMed. Nu bekijken we alleen de korte weergave om het effect van onze acties te zien. Dit is het eerste resultaatscherm:
In het resultaatscherm zien we de volgende menu-opties:
dezelfde grijze balk als in het openingsscherm
met:
Search :
nieuwe zoekactie starten na wijzigen van de zoekregel
Clear :
zoekregel leegmaken
achter 'Search: PubMed':
:
resultaten
binnenhalen via RSS-feed
Save Search :
indien ingelogd met MyNCBI: mogelijkheid om zoekactie op te slaan of als
attendering voor nieuwe artikelen in te stellen
Advanced Search
:
uitgebreidere functie met zoekgeschiedenis; ook voor details van deze zoekactie
en
overzicht zoekgeschiedenis
 |
Display Settings: resultaten op een andere manier weergeven (standaard is nu: Summary, 20 per page, Sorted by Recently Added) Format |
 |
File opslaan in een bestand; daarna klapt een scherm open om formaat te kiezen (o.a. MEDLINE, XML, PMID List) voor inlezen in EndNote: kies MEDLINE Clipboard alle records in de verzameling of alleen geselecteerde records op het prikbord zetten om later verder te gebruiken Collections: valt onder MyNCBI E-mail: per e-mail resultaten toesturen Order: fotokopieën bestellen (is bij ons niet op die manier mogelijk) |
|
Page nr naar eerste / vorige / volgende / laatste pagina (=scherm met opgegeven aantal records) gaan |
kolom aan de rechterzijde (niet alle blokken getoond)
 |
Filter your results: (voorheen aparte button) filters zijn gedefinieerd in MyNCBI (Common ErasmusMC of persoonlijk) All Review Clinical Trial Free Full Text Erasmus MC Full Text |
| Also try: Hint voor zoektermen | |
| Titles with your search terms: enkele artikelen met de zoekwoorden in de titel | |
| Free full-text articles in PubMed Central volledige tekst van gratis artikelen in aparte databank | |
| Find related data: o.a. in PubMed alle related articles | |
 |
(voorheen
aparte button)
BELANGRIJK:
|
witte scherm met records
| r |
Voor elke record staat een selectbox; de aangevinkte
referenties kunnen later verder worden bewerkt (afdrukken, opslaan in
een file, op het prikbord zetten) LET OP: als geen vinkjes zijn geplaatst wordt de complete verzameling afgedrukt, opgeslagen of op het prikbord gezet! |
||||||||||
| Title |
De titel vormt een hyperlink. Een klik hierop toont
alleen dat artikel in uitgebreidere vorm met een samenvatting. Klik [Back]
of [Terug] om terug te gaan naar het overzichtsscherm. |
||||||||||
| PMID |
PubMed IDentifier: elk record heeft een eigen
codenummer (7 of 8 cijfers) |
||||||||||
| [PubMed - xxx] |
De PubMed-databank bevat vijf soorten records:
|
Related Articles
De NLM berekent voor elk artikel op de een of andere manier een groep
van ongeveer 100 artikelen over hetzelfde onderwerp. Klik [Related
Articles] om deze artikelen op het scherm te zetten: de meest rerelateerde
bovenaan, de minst rerelateerde als laatste. Dit is een handige functie als je
tenminste één zeer relevant artikel hebt gevonden.
Het is ook mogelijk een aantal relevante records te selecteren met de
selectbox, en dan in de rechterkolom onder [Find related data] te kiezen
voor [Database: PubMed] > [Option: Related Articles] > klik [Find items]; dan worden van eventueel geselecteerde records alle gerelateerde
records in formaat 'Summary' getoond.
|
Kijk waar het programma in feite naar gezocht heeft
bij de zoekactie: klik [Advanced search] => [Details] of rechterkolom Search details => [>> See more ...] |
Het blijkt dat PubMed:
1. vegetables heeft herkend als een geldig MeSH trefwoord en
2. dit heeft gebruikt om in het MeSH-trefwoordenveld te zoeken (door explode
werden ook de woorden die in de MeSH-tree hieraan hangen als zoekterm
gebruikt - zie MeSH).
3. het oorspronkelijke woord heeft gebruikt om te zoeken in de tekstvelden van
het record (titel, samenvatting, en vele andere velden).
Deze afhandeling van de zoekvraag gebeurt door Automatic Term Mapping.
In het Details-scherm zijn er nog twee extra knoppen:
Search
Om de zoekactie te herhalen als deze in het detail-scherm is
aangepast
URL
Om de huidige (laatste) zoekactie weer te geven als URL (=
Internet-adres); dit is als bookmark op te slaan voor toekomstig
gebruik, bijv. om af en toe de nieuwste referenties over het onderwerp
te bekijken (maar via MyNCBI is dat veel handiger!)
Opmerking
Ook zoekacties die setnummers bevatten (en niet alleen zoekwoorden) zijn zo op te slaan, bijv.
#1 AND #2 AND #3; het systeem
vult automatisch de zoekactie in op de plaats van de setnummers (tenzij
zo'n zoekactie al eerder was verwijderd).
|
Voer nu de volgende zoekactie uit met dikkedarmkanker: colon cancer; dit is een voorbeeld van een phrase. Bekijk hoe PubMed de zoekactie in detail heeft uitgevoerd. |
Het programma:
|
Wat doet PubMed met de verschillende vormen van dikkedarmkanker als
zoekterm?
Je kunt de zoekregel editen; gebruik [Details] om te zien wat
PubMed deed en noteer het gevonden aantal referenties.
1. colon cancer |
|
Beantwoord deze vraag: In bovenstaande vijf zoekacties: welke twee leveren duidelijk het minste op? Waarom? |
WAARSCHUWING
Wat het resultaat van een zoekactie in PubMed precies oplevert kan niet altijd
worden voorspeld, mede doordat geregeld aanpassingen worden gemaakt. Dat is
een nadeel van de automatic term mapping.
|
Zoek in de derde stap naar
prevention.
Bekijk de details van de zoekactie. |
1. prevention blijkt een geldig alternatief voor de MeSH-subheading prevention and control en
Zoeken op woordstam: truncatie met wildcard (*)
Er zijn natuurlijk meer woorden die beginnen met prevent: prevent, prevented, prevention, preventive. Het is mogelijk alleen de woordstam te geven met een wildcard (bij PubMed: *) die de plaats van een willekeurig aantal ontbrekende letters inneemt. Dit wordt met een Engelse term ook wel truncation genoemd.
In PubMed is alleen 'eindtruncatie' mogelijk, d.w.z. een wildcard mag alleen aan het eind van een woord staan. Sommige zoeksystemen kennen ook middentruncatie of fronttruncatie. Er zijn ook zoeksystemen die speciale tekens hebben voor exact één letter.
|
Zoek alle woorden die beginnen met
prevent.
Let op aantal en details. |
|
Beantwoord deze vraag: Wat is het verschil met de vorige zoekactie? |
LET OP
Als in een phrase het eerste woord een wildcard bevat, bijv. colon*
tumor, wordt automatisch de wildcard verwijderd en AND tussen de woorden gezet.
HINT
Wil je beslist woordstammen met een wildcard gebruiken? Maak
dan een OR-combinatie met een of meer volledige termen die door
PubMed kunnen worden geïnterpreteerd als een MeSH-term.
Als er meer dan 600 zoekwoorden met dezelfde letters beginnen worden
alleen de eerste 600 zoekwoorden gebruikt. Geef in dat geval meer
letters op, bijv.
surg* geldt voor veel meer dan
600 termen;
maak daarvan: surger* OR surgic*
|
Zoek tumor OR tumo*
Bekijk de details. |
Zoeken met ingestelde Limit-functies (o.a. velden)
Stel dat de zoekactie met colon cancer toch het beste was. We zullen nu zien wat het effect is van diverse inperkingen (limits). |
Doe opnieuw de zoekactie met
colon cancer.
Klik [Advanced Search] |
|
|
Full text, Free Full Text, Abstracts
Human or Animal
Gender
Type of Article
Languages
Subsets
Ages
|
WAARSCHUWING 1
Na het uitvoeren van een zoekactie met Limit blijft deze functie 'aan'
staan; zie rechtsboven:
Dat kan bij volgende zoekacties ongewenste effecten hebben: als een veld is voorgekozen zal PubMed geen Automatic Term Mapping uitvoeren. Schakel daarom ´Limits´ uit met een klik op [Remove].
WAARSCHUWING 2
Limits gebruiken vaak MeSH-termen; dan worden nooit artikelen
gevonden die nog geen Medline-artikel zijn; deze hebben als kenmerk:
[PubMed - as supplied by publisher], [PubMed - in process], [PubMed]!
HINT
Het is ook mogelijk alle instellingen te laten voor wat ze zijn en
een veldcode tussen vierkante haken toe te voegen aan de zoekterm, bijv.
[ti] = titel: vegetables[ti]
[tw] = tekstwoorden (gezocht in de 'platte tekst'): broccoli[tw]
[mesh] = als trefwoord: erythrocytes[mesh]
[au] = auteur: galjaard[au]
[ta] = tijdschriftnaam: lancet[ta] of lancet[journal]
[dp] = date of publication (bijv. publicatiejaar): 2008[dp]; ook
range: 1999:2009[dp]; alle records in de database zijn te vinden met
0:5000[dp]
[pg] = 1e paginanummer: 123[pg]
[la] = taal: dutch[la]
|
Vergelijk de details van de zoekactie waarbij gezocht wordt naar colon cancer in alle velden met die waarbij colon cancer ergens moet voorkomen in de 'platte tekst' van 'n veld. |
|
Beantwoord deze vraag: Wat gebeurt er als je zoekt naar colon cancer in het MeSH-veld? En naar "colon cancer" in het MesH-veld (met quotes)? |
Search by ...
Author
zoeken op één auteur: geef een paar letters
bijv. zoek Simoons ML: simoo >
klik [Index] > selecteer de naam
van de auteur uit een lijst die bij elke opgegeven letter verder wordt
ingeperkt
Journal
zoeken in één tijdschrift: geef een paar letters
bijv. zoek Cochrane: coc
> klik [Index] >
selecteer de naam van het tijdschrift uit een lijst die bij elke opgegeven
letter verder wordt ingeperkt
Publication Date
formaat: yyyy/mm/dd, bijv. 2009/11/09 of 2009/11
of 2009
verander 'present' eventueel ook in een datum
Index of Fields and Field Values
kies 'n veld, bijv. author > geef stuk van een
woord of phrase, bijv. heart > klik [Index] > klik regel > ctrl-klik
volgende regels > add to search box with [AND] [OR] [NOT]
opgegeven woord wordt alleen gezocht in het hier gemarkeerde veld; bijv. heart
als author
vergelijk met een gewone zoekactie zonder veldindicatie: heart[au]
|
Bekijk de auteursindex rondom
W.A. van Staveren.
Wat is het verschil met W.A. Staveren? |
Opmerkingen bij auteurs
In de auteursindex staat vermeld (aantallen kunnen anders zijn):
|
Als oefening (in de praktijk zul je dit zelden zo doen):
Zoek via de indexen naar een artikel over macrobiotische voeding dat W.A. van Staveren samen met anderen in 1999 heeft gepubliceerd in het American Journal of Clinical Nutrition. |
De Booleaanse operatoren uit de verzamelingenleer (AND, OR en NOT) zijn al aan de orde geweest bij de inleiding. PubMed gaat op een eigen manier om met zoektermen.
phrase (twee woorden met een spatie)Veel voorkomende samengestelde begrippen kun je het beste opgeven als
zoekwoorden met een spatie, bijv. colon cancer. PubMed zal proberen
deze als MeSH-term, als geldig alternatief voor een MeSH-term, of als
standaard-phrase te herkennen en als zodanig op te zoeken. Lukt dat
niet dan zet PubMed zelf AND tussen de zoektermen.
Je kunt zelfs woorden die in verschillende velden voorkomen direct
achter elkaar zetten en PubMed het laten uitzoeken, bijv. staveren
macrobiotic 1999. Dit kan ook onverwachte of ongewenste resultaten
geven:
|
Controleer wel altijd
wat PubMed deed met de zoekwoorden ([Advanced Search] > [Details]) Wat is het verschil tussen vegetables cancer prevention en vegetables prevention cancer? |
operators:
Je mag ook zelf een operator tussenvoegen om een gewenst effect te verkrijgen:
Je kunt op één regel meer combinaties tegelijk maken, en daarbij
haakjes gebruiken om prioriteit aan te geven,
bijv. (cancer OR tumor) AND (vegetables OR fruit)
Je kunt alle zoekwoorden op één lange regel zetten met de juiste
AND's, OR's, NOT's en haakjes. De tekst op de zoekregel kun je gewoon
bewerken (wijzigen, woorden toevoegen) en de zoekactie opnieuw uitvoeren!
De reeks zoekwoorden kan veel langer zijn dan de ruimte op de zoekregel. Je loopt het risico het overzicht kwijt te raken.
Er zijn diverse mogelijkheden om het overzicht te bewaren:
1. typ de zoekactie in een Word-document en kopieer met 'copy & paste'
(<Ctrl>C ®
<Ctrl>V) de zoekactie naar de zoekregel in PubMed; ook handig voor de
verslaglegging: noteer het aantal gevonden records in het Word-document
bij de zoekactie en geef eventueel aan of de zoekactie beter of slechter
was als de vorige. Aan de hand van de resultaten bereid je de volgende
zoekactie voor. Deze methode voldoet goed bij het zoeken van literatuur
voor een systematic review;
2. bij het opbouwen van ingewikkelde zoekacties kun je ook per zoekactie één zoekwoord of echte phrase opgeven en de
resulterende verzamelingen combineren in de vorm van setnummers. Later
kun je dan met 'copy & paste' (<Ctrl>C ®
<Ctrl>V) de regels samenvoegen, of via Save Search (zie
MyNCBI) de zoekactie opslaan waarbij automatisch de setnummers
worden ingevuld.
Het voordeel van de eerste methode is dat je altijd ziet aan gemarkeerde
woorden op grond waarvan de records werden gevonden. Bij het combineren
van setnummers gebeurt dat niet.
Wil je zoeken met setnummers? Ga dan naar Search History met een
klik op [Advanced Search] om te zien
welke verzamelingen (sets) er zijn gemaakt. Er zijn maximaal 5
zoekacties te zien, maar een klik op [More History] toont alle
voorgaande zoekacties. Pas op: met [Clear History] gooi je alle
zoekacties weg!
Het setnummer is uitgevoerd als koppeling: voor het combineren van
verschillende sets, verwijderen, bekijken in Details en andere functies.
Ook de aantallen zijn uitgevoerd als koppeling: hiermee wordt de
zoekactie opnieuw geopend en weer bovenaan gezet; het setnummer blijft
daarbij gelijk.
Behalve de buttons [Search] en [Clear] staat er achter de zoekregel ook een knop [Preview]; hiermee wordt na de zoekactie niet hetresultaatvenster getoond, maar direct dit 'Advanced Search'-venster.
LET OP:
zet voor setnummers een hekje (#) om aan te geven dat het om een
setnummer gaat en niet om een getal waarop gezocht moet worden; denk ook
aan de schrijfwijze van de operatoren, bijv. #3 AND (#4 OR #5)
|
Is het Search History-venster weergegeven?
Zoek in losse stappen met de knop [Preview]: prevention,
colon
cancer, fruit, vegetables |
Met de MeSH Database is het mogelijk zoekacties zeer gericht op
bepaalde onderwerpen uit te voeren, waarbij zo veel mogelijk relevante
referenties worden gevonden en zo min mogelijk irrelevante. Er wordt
gebruik gemaakt van het standaard trefwoordensysteem van de NLM.
Voor een nadere verklaring van het systeem van de Medical Subject Headings
zie de appendix: Zoeken
op onderwerp
MeSH-termen moeten correct worden gespeld of er moet een geldig alternatief bekend zijn. Er zijn verschillende mogelijkheden om correcte MeSH-termen op te zoeken:
Zijn er bij methode 2 of 3 veel records gevonden die nog niet zijn bewerkt tot een complete 'Medline record'? Voeg dan als extra zoekterm toe dat je alleen records wilt hebben uit de subset die bestaat uit Medline-records: AND medline[sb].
Stappen bij zoeken via de MeSH-database
Het zoekprofiel wordt in stappen opgebouwd, waarbij je altijd halverwege over kunt gaan op de 'gewone' manier van PubMed-zoeken:
Het gewone zoekscherm verschijnt; de MeSH-termen zijn overgenomen op de zoekregel. Ook hier kunt u eventueel nog haakjes zetten als zou blijken dat de prioriteit nog niet in orde is.
MeSH Database (oefening)
|
Start MeSH Database |
|
Zoek naar artikelen die gaan over (d.w.z. major topic) de invloed van het eten van groente (hoofdtrefwoord vegetables) bij de preventie (subheading prevention and control) van dikkedarmkanker (hoofdtrefwoord colon cancer). |
Bijna dagelijks wordt nieuwe informatie aan het PubMed-bestand toegevoegd. Dat gebeurt op twee manieren:
Een belangrijke consequentie is dat zoeken op MeSH-termen (bijv. via de MeSH Browser) niet de recentste artikelen levert omdat die nog geen MeSH-trefwoorden bevatten! Daarvoor is het toch weer nodig free text te zoeken (denk daarbij ook aan synoniemen).
Het is mogelijk specifiek de recentste referenties te selecteren, maar dat is eigenlijk niet nodig: de referenties worden getoond op volgorde van invoer in de databank (d.w.z. op volgorde van PMID), waarbij de laatste als eerste wordt getoond.
Je kunt op diverse manieren een geschikte zoekactie opslaan om later opnieuw te gebruiken. Er mogen alleen zoektermen op de regel staan, maar geen setnummers omdat het systeem die later (als de History leeg is) niet meer kent.
Zoekprofiel opslaan als Word-documentMyNCBI
PubMed biedt een optie om zoekacties op te slaan op internet, dan kun je er
vanaf elke locatie bij. Bovendien kun je direct kiezen voor de
attenderingsfunctie, en eventueel persoonlijke functies in MyNCBI gebruiken.
Door starten vanaf de homepage van de Medische Bibliotheek worden algemene
instellingen voor alle medewerkers van Erasmus MC gestart (zoals: toevoegen van
fulltext-koppelingen, speciale filters (o.a. fulltext-artrikelen, review),
inkleuren van gevonden woorden.
Binnen PubMed is er in de hoek rechtsboven de optie MyNCBI | Sign In; je moet ervoor
registreren (gratis). Met een klik op het zoekprofiel kun je de records zien
die er sinds de vorige klik aan zijn toegevoegd. MyNCBI biedt meer
mogelijkheden. Zie daarvoor
MB-handleiding
Attendering via PubMed
Voor het doen van een nieuwe zoekactie kun je natuurlijk gewoon doorgaan en net doen of de voorgaande zoekacties er niet zijn en het prikbord leeg is. Dat kan handig zijn als de volgende zoekactie over hetzelfde onderwerp gaat: het is dan mogelijk de records in eerder bekeken verzamelingen met NOT te verwijderen uit de nieuwe verzameling.
Gaat het over iets geheel anders dan kun je de zoekgeschiedenis en het prikbord leegmaken. PubMed afsluiten en opnieuw starten heeft geen zin: Search History en Clipboard blijven gedurende acht uur behouden.
Leegmaken gebeurt via menu-opties die onder Search History en achter Clipboard aanwezig zijn.
|
Maak de zoekgeschiedenis en het prikbord leeg. |
| Ga verder naar Hoofdstuk 6.2: Weergeven in PubMed |
© Medische Bibliotheek Erasmus MC
21-04-2011
MB-CBI