Vanaf het 5^de jaar start de klinische fase. Deze bestaat uit verschillende onderdelen die zodanig op elkaar zijn afgestemd dat een toename van kennis en vaardigheden ontstaat met een nieuwe uitdaging in ieder onderdeel. Als eerste onderdeel geldt de Algemene Klinische Training Erasmus arts (AKTE) in het EMC. Daarna krijgt de student een speciale training in diverse vakken voor een belangrijk deel in de geaffilieerde ziekenhuizen (Teaching Hospitals). Het komt aan op veel zien, veel doen en tempo. Tevens krijgt de student een training op het gebied van de extramurale geneeskunde, zoals huisartsgeneeskunde.

Daarnaast krijgt de student de gelegenheid tot meer profilering en vooral het werken onder grotere eigen verantwoordelijkheid. Uiteraard binnen de randvoorwaarden van de Wet Individuele Beroepen in de Gezondheidszorg (BIG). Dit onderdeel bestaat uit een Keuze co-schap en uit het Oudste co-schap.